1. 毕业设计（论文）的内容和要求

本课题通过模拟蛋白质与界面水层相互作用，研究界面水层对蛋白质吸附熵焓驱动原理。

1、 理解分子模拟的基本概念、原理、模拟软件； 2、掌握蛋白质界面水层性质及研究最新进展； 3、熟悉分子动力学模拟软件gromacs 的基本知识，操作步骤，并学会使用； 4、合理安排实验进程，工作时间不迟到早退； 5、实验认真仔细，对实验现象进行详细的记录，定期对实验数据进行总结，及时调整实验方案； 6、 工作积极主动，勤于思考，做好实验室安全卫生工 作。

2. 参考文献

[1]钟成, 韩振为. 分子动力学模拟蛋白质溶液吸附过程构象的变化[J]. 计算机与应用化学, 2003, 20(6):000741-744. [2]钟博, 张辉. 固体表面蛋白质吸附理论研究进展[J]. 沈阳师范大学学报(自然科学版), 2006, 24(2):158-160. [3]Kasemo, B. Biological surface science. Surf. Sci. 2002, 500, 656#8722; 677. [4]Rabe, M.; Verdes, D.; Seeger, S. Understanding protein adsorption phenomena at solid surfaces. Adv. Colloid Interf. Sci. 2011, 162, 87#8722;106. [5]Mijajlovic M, Penna M J, Biggs M J. Free energy of adsorption for a peptide at a liquid/solid interface via nonequilibrium molecular dynamics[J]. Langmuir the Acs Journal of Surfaces Colloids, 2013, 29(9):2919. [6]Allaedine, S.; Nygren, H. The adsorption of water and amino acids onto hydrophilic and hydrophobic quartz surfaces. Colloids Surf. B: Biointerfaces 1996, 6, 71#8722;79. [7]Asthagiri, D.; Lenhoff, A. M. Influence of structural details in modelling electrostatically driven protein adsorption. Langmuir 1997, 13, 6761#8722;6768. [8]Latour, R. A., Jr.; Rini, C. J. Theoretical analysis of adsorption thermodynamics for hydrophobic peptide residues on SAM surfaces of varying functionality. J. Biomed. Mater. Res. 2002, 60, 564#8722;577. [9]Latour, R. A., Jr.; Hench, L. L. A theoretical analysis of the thermodynamic contributions for the adsorption of individual protein residues on functionalized surfaces. Biomaterials 2002, 23, 4633#8722;4648. [10]Ghiringhelli, L. M.; Hess, B.; van der Vegt, N. F. A.; Site, L. D. Competing adsorption between hydrated peptides and water onto metal surfaces: from electronic to conformational properties. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 13460#8722;13464.

3. 毕业设计（论文）进程安排

起讫日期 设计（论文）各阶段工作内容 18.1.4~18.3.10 文献调研，开题 报告 18.3.10~18.5.21 开展实验工作 18.5.21~18.5.28 中后期实验阶段及数 据收集 18.5.21~18.6.10 数据整理，撰写论文，准备答辩