二氢乳清酸酶与底物分子的对接模拟文献综述
2020-04-13 15:15:16
文 献 综 述
二氢乳清酸酶(DHOase,EC.3.5.2.3)属于酰胺水解酶类,在酸性条件下能够催化N-氨甲酰(N-Asp)环化为L-二氢乳清酸(L-DHO),在碱性条件下,能够催化L-二氢乳清酸开环为N-氨甲酰-L-天冬氨酸。二氢乳清酸酶广泛存在于动植物、微生物细胞内,是嘧啶从头合成中催化第三步反应的关键酶。
根据二氢乳清酸酶的特殊性质,其主要应用于抗肿瘤药物筛选、心脑血管保护剂和有机合成方面。
本实验即是利用分子对接模拟筛选出最有可能成为二氢乳清酸酶抑制剂的物质。
所谓分子对接就是受体和底物之间通过能量匹配和几何匹配而互相识别的过程。分子对接在超分子建筑学和药物设计中都具有非常重要的意义,运用分子对接我们可以揭示超分子体系的结构和形成过程。分子对接主要研究分子间(即配体和受体)相互作用,并且预测并计算结合模式和亲和力的一种理论模拟方法。
近年来,分子对接方法已成为计算机辅助药物研究领域的一项重要技术,在数据库搜索,组合库设计及蛋白作用研究方面得到广泛发展因此分子对接具有极强的相士意义和发展前景。
1.2原理与方法
分子对接方法的两大课题是分子之间的空间识别和能量识别。空间匹配是分子间发生相互作用的基,能量匹配是分子间保持稳定结合的基础。对于几何匹配的计算,通常采用格点计算、片断生长等方法,能量计算则使用模拟退火、遗传算法等方法。
各种分子对接方法对体系均有一定的简化,根据简化的程度和方式,可以将分子对接方法分为三类。
刚性对接:刚性对接方法在计算过程中,参与对接的分子构像不发生变化,仅改变分子的空间位置与姿态,刚性对接方法的简化程度最高,计算量相对较小,适合于处理大分子之间的对接。