1. 毕业设计（论文）的内容和要求

smith-waterman算法是1981年smith和waterman提出的一种用来寻找并比较生物基因序列具有局部相似性区域的动态规划算法，很多后来的算法都是在该算法的基础上发展的。

这是一种两序列局部比对算法，把两条未知的序列进行排列，通过字母的匹配，删除和插入操作，使得两条序列达到同样长度，在操作的过程中，尽可能保持相同的字母对应在同一个位置。

当两条序列进行比对时，找出待比对序列中的某一子片段的最优比对。

2. 参考文献

[1]陈观君. Smith-Waterman算法硬件加速的研究与实现[D].电子科技大学,2017. [2]洪洋. 基于CPU-GPU异构并行系统的SmithWaterman及HEVC加速技术研究[D].天津大学,2016. [3]Ernst Joachim Houtgast,Vlad-Mihai Sima,Koen Bertels,Zaid Al-Ars. Hardware acceleration of BWA-MEM genomic short read mapping for longer read lengths[J]. Computational Biology and Chemistry,2018,75. [4]邹丹,窦勇,夏飞,倪时策.基于FPGA的带回溯的Smith-Waterman算法加速器的设计与实现[J].国防科技大学学报,2009,31(05):29-32. [5]汪冬,唐志敏.Smith-Waterman算法在脉动阵列上的实现及分析[J].计算机学报,2004(01):12-20. [6]周澄,郁松年.Smith-Waterman算法的若干优化及并行实现[J].计算机工程与应用,2003(23):89-91. [7]黄海洋. 面向大数据的CPU/GPU/FPGA计算平台研究[D].电子科技大学,2017. [8]海玲,刘俊霞,海志民,刘岩,杨嘉鹏,刘智勇.基于GPU的BWA序列比对算法分析与加速[J].信息技术,2018(03):67-72 78.

3. 毕业设计（论文）进程安排

2019/1/1#8212;2019/01/10 选择和确定毕设课题，查阅收集并学习本课题相关资料。

2019/01/10#8212;2019/02/01 总结思考并准备开题报告，外文资料翻译。

2019/02/01#8212;2019/03/10 构思并确定课题的整体思路，设计模块。