基于分子动力学模拟方法研究多肽rrlif对CDK2/CDK4的选择性机理任务书
2020-06-10 22:43:03
1. 毕业设计（论文）的内容和要求
（1）通过查阅文献，了解该课题的国内外研究现状；
（2）学习和掌握有关计算软件的使用；
（3）选择对于这两种激酶具有选择性的多肽抑制剂为研究体系，利用amber软件对体系进行模拟计算，分析体系在溶剂中的构象变化；
2. 参考文献
[1] premnath p n, craig s n, liu s, et al. iterative conversion of cyclin binding groove peptides into druglike cdk inhibitors with antitumor activity [j]. j med chem, 2015, 58(1): 433-442.
[2] kontopidis g, andrews m j, mcinnes c, et al. truncation and optimisation of peptide inhibitors of cyclin-dependent kinase 2-cyclin a through structure-guided design [j]. chemmedchem, 2009, 4(7): 1120-1128.
[3] dai l, liu y, liu j, et al. a novel cycline/cyclina-cdk inhibitor targets p27(kip1) degradation, cell cycle progression and cell survival: implications in cancer therapy [j]. cancer letters, 2013, 333(1): 103-112.
3. 毕业设计（论文）进程安排
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起讫日期 |
设计（论文）各阶段工作内容 |
备 注 |
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2017-02-25~2017-03-25
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系统地检索和阅读相关中外文文献，了解该课题的国内外研究现状。对CDK2和CDK4的结构和性质，作图软件Pymol、Origin，计算机模拟软件Amber 10，前人的研究等有所了解，完成开题报告。
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2017-03-25~2017-05-10
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进一步学习和掌握有关计算软件的使用，用Amber 10对结合态和游离态结构进行MD模拟，最后用MM/PBSA进行能量分析。
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2017-05-10~2017-06-11
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对计算结果进行分析和总结，完成毕业论文，并为答辩做准备。
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