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摘 要

为了确定乌苏里拟鲿（Pseudobagrus ussuriensis）患烂身病时其肝脏基因表达变化情况，通过转录组测序方法，分析了患烂身病的个体和对照的正常个体肝脏基因的表达变化，得到413个具有显著差异的基因，包括上调基因224个，下调基因189个，选择其中与免疫有关的上调基因和下调基因各10个，再进行富集分析得到TNF信号通路、NF-κB信号通路、系统性红斑狼疮、抗原处理和呈现、细胞黏附分子几大通路，以期初步了解烂身病过程中肝脏的免疫应答反应，并挑选其中差异较大基因进行进一步分析。通过本研究，为乌苏里拟鲿烂身病的防治和今后该鱼抗逆新品种的选育提供科学依据和理论支持。

关键词：乌苏里拟鲿（Pseudobagrus ussuriensis），烂身病，转录组测序，肝脏，基因表达

Abstract: In order to determine the changes of liver gene expression in Pseudobagrus ussuriensis with rotten body disease, we analyzed the changes of liver gene expression in individuals with rotten body disease and normal individuals by transcriptome sequencing. 413 genes with significant differences were obtained, including 224 up-regulated genes and 189 down-regulated genes. Among them, the up-regulated genes related to immunity were selected. Ten genes and 10 down-regulated genes were enriched and analyzed to obtain TNF signaling pathway, NF-kappa B signaling pathway, systemic lupus erythematosus, antigen treatment and presentation, cell adhesion molecule pathways, in order to preliminarily understand the immune response of liver in the process of canker disease, and select the genes with large differences for further analysis. Through this study, scientific basis and theoretical support were provided for the prevention and control of pomfret disease in P. ussuriensis and the breeding of new stress-resistant varieties in the future.

Keywords: Pseudobagrus ussuriensis, rotten body disease, transcriptome sequencing, liver, gene expression

目 录

1前言 4

2 材料与方法 5

2.1 鱼的培养与挑选 5

2.2取样 5

2.3 RNA提取、文库构建和转录组测序 6

2.4 转录组的重新组装、功能分类和注释 6

2.5 InDel和SNP的搜索与基因表达分析 6

3 分析与结果 6

3.1测序、拼接与基因注释 6

3.2差异表达基因分析与鉴定 8

3.3SNP和InDel分析 11

4讨论 12

结论 14

参考文献 15

致谢 16

1前言

乌苏里拟鲿（Pseudobagrus ussuriensis）又名乌苏里鮠，别名牛尾巴、黄昂子、回鳇鱼 ，鲇形目，鲿科，拟鲿属的一个物种。该鱼最适生长水温为22~ 25℃，盐度在3.0以下，最佳生长的pH为7.0～8.0，广泛地分布于乌苏里江、嫩江、松花江、珠江等水域，洪泽湖、太湖也有分布。该鱼喜欢栖息在缓流中，人工养殖也可以生活在静水中，它具有很强的抗病力。从幼鱼开始，以摄食浮游动物和底栖生物为生。成鱼主要以蜉蝣类和毛翅类幼虫，摇蚊幼虫、蚊类等昆虫、小鱼为生。在人工养殖条件下，可以适量摄食人工配合饲料。常年摄食，生殖期及冬季摄食较常需减弱。

乌苏里拟鲿是生长较快的鲿科经济鱼类，适宜于网箱池和塘养殖，病虫害少，乌苏里拟鲿一般个体重0.5～2公斤，最大个体重可以达到5公斤以上，3年就可达到性成熟。该鱼由于肉味鲜美，无股间刺，营养丰富，已成为人们常见家中美味。乌苏里拟鲿也凭借生命力强，生长较快，也适宜于池塘和网箱养殖，病虫害少，市场需求旺盛，价格较优等优点，乌苏里拟鲿成为了中国重要的水产养殖经济资源的物种之一。近些年来，随着乌苏里拟鲿的消费数量节节攀升，尽管分布区域以及养殖规模不断增大，仍然供不应求。然而乌苏里拟鲿野生品种资源本就已经接近枯竭，所以养殖前景值得期待，是当前水产养殖很有所望的新品种，市场价格高，具有较强的市场潜力。然而随着人工养殖的开展以及天然捕殖量的持续增加，一些问题也逐渐凸显，大量的乌苏里拟鲿开始患烂身病导致其存活率越来越低，给养殖户带来巨大的经济损失，甚至在一些水域已经很少有乌苏里拟鲿的踪迹。

烂身病又称流行性溃疡症，可在许多的水生动物上出现，包括卵形鲳鲹(Trachinotus ovatus)，云斑尖塘鳢（Oxyeleotris marmorata），胡子鲶（Clarias fuscus），乌鱼（Channa argus），金鲳鱼（Trachinotus ovatus），大口黑鲈（Micropterus salmoides），鲈鱼（Lateolabrax japonicus）等在内的多种水产动物均有体表溃疡症的报道，是一种常见的水产动物疾病之一。烂身病的主要症状表现多为体表溃烂、充血、霉烂，肌肉坏死且无新鲜血液渗出，严重者可致死，而且用常规的手段极难治疗，只能等其免疫系统自主修复。

目前已有很多关于乌苏里拟鲿的相关报道，但大多数报道都只限于其生长发育、杂交遗传、人工繁殖技术、胚胎发育、形态鉴定、饲究等方面，而关于乌苏里拟鲿患烂身病的研究还处于空白阶段。本文便是对患烂身病的乌苏里拟鲿肝脏基因进行研究，采用转录组测序方法，分析患病个体和正常个体肝脏基因的表达变化，以期初步了解烂身病过程中肝脏的免疫应答反应，并挑选其中差异较大基因进行进一步分析。通过本研究，为乌苏里拟鲿烂身病的防治和今后该鱼抗逆新品种的选育提供科学依据和理论支持​。

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