应用DNA条形码技术鉴定南京市场上常见鲜、冻水产品的物种组成开题报告
2020-06-03 22:07:23
1. 研究目的与意义(文献综述包含参考文献)
文献综述
1.1 我国鲜、冻水产品市场现状
1.1.1 我国水产品消费现状
2. 研究的基本内容、问题解决措施及方案
2.1研究的内容
(1)市场采集的共54份鲜、冻水产品的DNA提取
(2)通用引物扩增COI条形码
(3)序列分析与物种鉴定
2.2主要的研究手段
(1)DNA的提取如下;
DNA的提取操作过程如下:取约200mg肌肉组织于2ml圆底离心管中,加入200micro;l 组织裂解液(500 mM Tris-HCl pH 8.0, 100 mM EDTA, 100 mM NaCl, 2% SDS)和200micro;l磷酸盐缓冲液(300 mM pH 8.0),用无菌手术剪刀将肌肉组织剪碎。再向该离心管中加入20micro;l蛋白酶K(20mg/ml),并将离心管置于65℃恒温水浴锅裂解60min。裂解结束后,14000g离心5min,吸取上清液并转入新的2ml圆底离心管。加入0.5倍体积的乙酸钠溶液(4M, pH 8.0),振荡混匀,14000g离心5min,吸取上清液并转入新的2ml圆底离心管。再加入0.5倍体积的乙酸钠溶液,振荡混匀,14000g离心5min,吸取上清液并转入新的1.5ml尖底离心管。加入0.6倍体积的异丙醇,振荡混匀,静置5min后14000g离心10min,弃去上清液。加入800micro;l 70% 乙醇,振荡混匀,14000g离心3min。弃去上清液,再加入800micro;l 100%乙醇,振荡混匀,14000g离心3min,弃去上清。75℃烘箱烘干后加入30micro;l 灭菌超纯水溶解DNA,并置于-20℃贮藏。DNA的浓度和纯度(A260nm/A230nm和A260nm/A280nm)用核酸蛋白测定仪测定,并稀释至100ng/micro;l备用。DNA的完整性通过1%琼脂糖凝胶电泳检测。
(2)COI条形码的扩增(表1);
表1 COI条形码通用引物序列
Primer name |
Primer sequence (5′-3′) |
Barcode length (bp) |
FISHCOILBC_ts |
CACGACGTTGTAAAACGACTCAACYAATCAYAAAGATATYGGCAC |
705bp |
FISHCOIHBC_ts |
GGATAACAATTTCACACAGGACTTCYGGGTGRCCRAARAATCA | |
M13F (-21) |
CACGACGTTGTAAAACGAC |
NA |
M13R (-27) |
GGATAACAATTTCACACAGG |
(3)采用Mega 5.0对序列进行分析
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