微型COI条形码在我国市场常见鱼类品种鉴定中的应用开题报告
2020-07-19 18:42:47
1. 研究目的与意义（文献综述包含参考文献）
1.1 鱼类产品现状
1.1.1我国鱼类产品市场现状
我国是水产养殖大国。据《2016年渔业统计年鉴》统计，2015年，全国水产品总产量为6901.25万吨，比上年增长3.01%。其中，养殖产量5142.39万吨，占总产量的74.51%，全国水产品人均占有量达到49.91千克，比上年增加1.17千克、增长2.40%[1]。
2. 研究的基本内容、问题解决措施及方案
1.研究的内容
（1）市场采集的共140份硬骨鱼类的DNA提取
（2）通用引物扩增COI条形码
（3）序列分析与物种鉴定
2.主要的研究手段
（1）DNA的提取（图1）；
图1 DNA提取方法
（2）COI条形码的扩增（表1）；
表1 COI条形码通用引物序列
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Primer name |
Primer sequence (5′-3′) |
Barcode length (bp) |
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mlCOIintF (F) |
TGTAAAACGACGGCCAGTGGWACWGGWTGAACWGTWTAYCCYCC |
313bp |
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jgHCO2198 (R) |
CAGGAAACAGCTATGAC TAIACYTCIGGRTGICCRAARAAYCA |
|
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M13F-29 |
CACGACGTTGTAAAACGAC |
NA |
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M13R |
GGATAACAATTTCACACAGG |
（3）扩增反应参数（表2）；
表2 扩增反应参数
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Initial Denaturation |
Denaturation |
Annealing |
Extension |
Final Extension |
Number of Cycles |
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94℃ 3min |
94℃ 30s |
62℃ 30s |
72℃ 60s |
72℃ for 5 min |
19 |
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94℃ 30s |
43℃ 30s |
72℃ 60s |
16 |
（4）序列进行分析
将PCR产物送至测序公司（金斯瑞生物科技，中国）进行测序。每个目标片段测序两次，进行两个方向相反方向的直接测序，且允许产生四个高质量的互补序列。 使用可获得的BioEdit v7.2.5软件（Ibis Biosciences，Carlsbad，CA，USA）对测序数据进行比对，使用Mega7.0.14软件绘制进化树。
