1. 研究目的与意义（文献综述包含参考文献）

文 献 综 述

1、 选题目的和意义：随着各种基因组计划的持续开展和模式生物基因组计划的蓬勃发展，生物数据呈指数级增长，对这些生物数据进行科学的分析和研究不仅在人类疾病及重大疫情的预防、诊断、治疗、新药开发等领域有着广阔的应用背景，而且促进了生物信息学这一交叉性学科的兴起和发展。因此如何结合现代计算机技术挖掘大量而有用的生物数据信息，并对其进行严谨有力的分析是当前的研究热点，其中包括生物数据挖掘体系架构的设计、各种分析算法的研究以及针对生物数据挖掘分析的功能研究等。

构建生物进化树是生物信息学研究的热点问题之一，也是现代分子进化研究的重要问题。生物学家和进化论者根据各类生物间的亲缘关系的远近，把各类生物安置在有分支的树状的图表上，有助于通过分析构建系统发育树的过程揭示出有关生物进化的顺序、有助于通过物种间隐含的种系关系揭示进化动力的实质、有助于我们了解生物进化的历史和进化机制。同时研究生物进化树对解决现代分子生物学中的许多问题也是非常关键的，如多序列比对、蛋白质结构和功能预测以及药物设计等。

2. 研究的基本内容、问题解决措施及方案

1. 生物进化树的背景知识及其主要建立方法；

背景知识：进化树在生物学中，用来表示物种之间的进化关系。生物分类学家和进化论者根据各类生物间的亲缘关系的远近，把各类生物安置在有分枝的树状的图表上，简明地表示生物的进化历程和亲缘关系。在进化树上每个叶子节点代表一个物种，如果每一条边都被赋予一个适当的权值，那么两个叶子结点之间的最短距离就可以表示相应的两个物种之间的差异程度。

研究手段：构建序列进化树:1.） 生物数据采集 2.）构建恰当的数字表示 3.）对两个或者多个dna序列构造相似性度量，生产距离矩阵 4.）根据距离矩阵，使用matlab构建种群发生树

2. 使用信号处理方法分析生物序列的优缺点；